同其他影像学检查都存在不同程度和方面的局限性一样，TCD也有自己技术上的弱点，在检测手段上有一定的局限性，是一种类似于盲探的检查方法，不能直观了解血管的走行及管腔情况。
比如说当左侧VA直接起源于主动脉弓，此时可以有左侧SubA狭窄但不出现患侧VA血流返转;或如果存在对侧VA起始段狭窄，此时可以有患侧SubA狭窄却不出现VA血流返转时，TCD不如DSA和CTA等影像学检查那么直观，这样就有可能导致误诊和漏诊的发生。
此外TCD虽然可以观察到SSS颅内外血流动力学变化情况，但对于血管的狭窄程度或已经闭塞的血管的检测敏感性的判断要差些，因此单纯依赖TCD进行精确定位定量及病因判断就会有一定的困难。
此外TCD检测结果的可靠与否，在很大程度上要依赖于操作者的操作经验和检查水平，依赖于操作者对于血管解剖基础、的临床了解程度和操作手法以及综合分析判断能力，当然不同仪器设备的敏感性及设置也十分重要。
因此当运用TCD发现血流频谱的异常改变从而检查有SubA盗血后，在结合受检者临床表现的情况下有条件者可以建议受检者行CTA、DSA等进一步的影像学检查以明确检查，从而为接下来如何选择进一步的检查措施奠定基础，并避免误诊与漏诊的出现。
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